Die Patronatskirche St. Johannis ist von den zwei Kirchen im Ort die ältere. Sie steht inmitten des noch heute genutzten Friedhofes.
DIe Johannis-Kirche wurde auf dem Platz erbaut, auf dem vordem eine kleinere Kapelle stand. Diese Vorläuferkapelle wird als "Kapelle zu Bodenborch" urkundlich bereits im Jahr 1282 erwähnt. In einem Dokument aus dieser Zeit ist von einem Tausch der Patronatsrechte des Bischof Siegfried von Hildesheim an die Gebrüder von Werder die Rede.
Schutzpatron der Bodenburger Kirche wurde Johannes der Täufer. Der Innenraum überrascht durch eine reiche, barocke Austaltung. Kanzel, Kanzelhaube und Altar sind reich mit Ornamenten verziert. Viele Engelfiguren, Heiligenfiguren, Bilder und filigran aus Holz gearbeiten Figuren der Evangelisten und des Gekreuzigten sowie auferstanden Christus schmücken den Innenraum der Kirche.
Durch die großen Fenster ist der Innenraum der Kirche sehr hell. Das sogenannte "Mannhaus" ist wie eine Tribühne an das eigentliche Kirchenschiff angebaut. Hier saßen früher tatsächlich vorwiegend die Männer, während die Frauen eher im Kirchenschiff Platz nahmen.
Unsere St. Johannis-Kirche fasst ca. 300 Gottesdienstbesucher. Sie hat dank der Tunnelgewölbedecke eine vergleichsweise gute Akkustik. Aufgrund dieser Eigenschaften wird unsere Kirche auch gern für geistliche Konzerte genutzt.
Die zweite Kirche im Ort Bodenburg - die jüngere Laurentiuskirche - gehörte nach der Reformation und bis in die siebziger Jahre des 19. Jahrunderts zunächst noch zur protestantischen Gemeinde. Nun ist diese aber in den Besitz der katholischen Kirchgemeinde "zur Heiligen Familie" übergegangen.
